История кафедры берет начало с образования в марте 1967 года по приказу МПС СССР кафедры «Экономика и организация строительства». Новая кафедра создается на базе кафедры «Изыскание, проектирование и постройка железных дорог».

Приказом ректора ЛИИЖТа М.А. Осинцева от 18.03.1967 исполняющим обязанности заведующего кафедрой назначается заслуженный строитель РФ, доктор технических наук, профессор Жинкин Георгий Николаевич, который успешно руководит ее работой до 1992 года.

В учебном процессе новой кафедры используются результаты научных исследований в области экономики, организации и управления строительством. Первым аспирантом Г.Н. Жинкина в области управления строительством был И.В. Прокудин. Всего под руководством Г.Н. Жинкина защитили кандидатские диссертации 40 аспирантов, докторские диссертации — 4 соискателя. Впервые в транспортном вузе в учебный процесс внедряется сетевое планирование и управление строительством. В программу курса «Организация и планирование железнодорожного строительства» вводится раздел «Управление строительством».

В 1991 году кафедра первой в ЛИИЖТе открывает экономическое направление подготовки выпускников и становится профилирующей по новой экономической специальности 080502 «Экономика и управление на предприятии (железнодорожное строительство)», квалификация «экономист-менеджер». Первый выпуск экономистов по данной специальности производится в 1996 году.

С 1993 года по 2005 год кафедру возглавляет заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент Академии наук высшей школы, доктор технических наук, профессор Прокудин Иван Васильевич. В эти годы под руководством профессора Прокудина И.В. открывается новое научное направление — разработка теоретических основ и методов организации строительства железных дорог. Сотрудниками кафедры решается целый ряд актуальных для того времени научных и практических задач, включая моделирование процессов организации железнодорожного строительства, обоснование экономической эффективности возведения обходов преградных сооружений, развитие программно-целевого планирования и экономико-математических методов управления в строительстве. Под общей редакцией И.В. Прокудина издается учебник «Организация и планирование железнодорожного строительства». 1993 год открывает начало научным исследованиям кафедры в области экономики недвижимости и оценки рыночной стоимости объектов недвижимости железнодорожного транспорта, результаты которых получают широкое практическое применение. Под руководством доктора технических наук, профессора Хибухина В.П. проводится классификация объектов недвижимости железнодорожного транспорта, разрабатываются методологические основы рыночной оценки недвижимости и методика определения величины арендной платы при сдаче в краткосрочную аренду объектов недвижимости ОАО «РЖД». В целях обеспечения практической направленности исследований в 1997 году создается Центр оценки имущества, который за два года своего существования производит оценку стоимости основных фондов 6-ти Дистанций пути Октябрьской железной дороги ОАО «РЖД».

С 2002 года под руководством доктора технических наук, профессора Опарина С.Г. на кафедре получают развитие основы теории и разработки методов управления экономическими рисками в сфере транспортного строительства, государственных и муниципальных закупок. Актуальность исследований диктуется необходимостью обоснования инвестиций в транспортное строительство с учетом неопределенности целого ряда факторов, характеризующих инвестиционный строительный проект, условия его реализации и финансовое состояние участников проекта.

В целях оптимизации структуры университета ректором ПГУПС В.И. Ковалевым с декабря 2005 года проводится реорганизация кафедр «Экономика и организация строительства» и «Технология строительного производства» Строительного факультета, по результатам которой 01 февраля 2006 года в составе факультета «Экономика и социальное управление» образуется кафедра «Экономика и менеджмент в строительстве». В соответствии с приказом ректора от 06.12.2005 № 28/ОД исполняющим обязанности заведующего кафедрой назначается доктор технических наук, профессор Опарин Сергей Геннадиевич. Кафедра размещается в историческом месте Санкт-Петербурга — во Дворце Юсуповых на р. Фонтанке, построенном архитектором Джакомо Кваренги.

Начинается новый этап развития выпускающей кафедры по специальности «Экономика и управление на предприятии (строительство)».