Факультет основан 14 декабря 1929 года и до 1983 года носил наименование «Эксплуатационный». В 1983 году получил новое имя — «Управление процессами перевозок».

На момент создания факультет состоял из двух кафедр — «Эксплуатация железных дорог» (ныне кафедра «Управление эксплуатационной работой») и «Железнодорожные станции и узлы». В 1932 году на факультете появляется кафедра «Экономика транспорта», которая в 1994 году перешла в состав факультета «Экономика и социальное управление».

В 1958 году на факультете создается учебная лаборатория организации движения, ставшая впоследствии уникальным Учебным центром управления перевозок перевозками. В 1967 году появляется новая кафедра — «Организация грузовой и коммерческой работы и механизация погрузочно-разгрузочных работ» (ныне кафедра «Логистика и коммерческая работа»), а в 1975 году руководством вуза было принято решение о создании кафедры «Теоретические основы и автоматизация управления» (ныне кафедры «Информатика и информационная безопасность»).

В 1989 году из состава факультета выделился научно-исследовательский психологический центр, впоследствии — Отраслевой центр психологических исследований, а затем Институт прикладной психологии ПГУПС.

В апреле 2010 года при участии профессорско-преподавательского состава факультета был открыт Центр международной логистики ОАО «РЖД» и ОАО «Немецкие железные дороги». В сентябре 2010 года в этом центре 15 студентов факультета начали обучение в авторском классе.

В 2014 году факультет получил новое название — «Управление перевозками и логистика». В его состав в настоящее время входят шесть кафедр: «Управление эксплуатационной работой», «Железнодорожные станции и узлы», «Логистика и коммерческая работа», «Физическая культура», «Иностранные языки», «Русский язык».

За период своего существования факультет подготовил более 15 000 инженеров, в том числе более 500 человек для 27 зарубежных стран (Германии, Китая, КНДР, Кубы, Монголии, Польши, Сирии и др.).

Учебные занятия на факультете ведут заслуженные работники транспорта и высшей школы, профессора и доценты, доктора и кандидаты наук. Факультет располагает уникальной учебно-лабораторной базой, включающей учебные и научно-образовательные центры, компьютерные классы и специализированные аудитории.